Kaikkien eläinten, myös haitallisten vieraslajien, lopetusta koskevat eläinsuojelulainsäädännön velvoitteet. Eläin on lopetettava mahdollisimman nopeasti ja kivuttomasti. Lopetuksen tekijällä tulee olla riittävät tiedot kyseessä olevan eläinlajin lopetusmenetelmästä sekä taitoa toimenpiteen suorittamiseksi.
Supikoiran osalta ainoa suositeltava lopetusmenetelmä on ampuminen. Esimerkiksi eläinten hukuttaminen on kiellettyä. Jos itsellä ei ole eläinten lopettamiseen liittyviä taitoja, niin lähialueen metsästäjien taidoille ja avulle on tarvetta. Metsästäjien kannattaa miettiä sopivia yhteistyömuotoja alueen asukkaiden kanssa, sillä yhteistyö on tarpeen vieraslajiongelman ratkaisemisessa.
Ennen lopetuslaukauksen ampumista on tärkeää kytkeä koira esimerkiksi puuhun ja varmistaa ampumalinjan turvallisuus. Luodin tai haulien kimpoamisvaara on otettava huomioon. Pienikaliiberinen revolveri on sopiva ase loukkuun jääneen supikoiran lopettamiseen.
Nahan hyödyntäminen
Erityisesti loppusyksystä ja keväällä pyydetyllä supikoiralla on usein tuuhea karva. Nahka on hyvä nylkeä ja muokata esimerkiksi metsästysmuistoksi tai muuhun käyttöön. Ohjeita nahan käsittelyyn löydät Riistainfosta (riistainfo.fi).
Ruhon hävittäminen
Supikoira on kaikkiruokainen eläin, joka hyödyntää mielellään haaskoja ravinnokseen. Supikoira on tästä syystä usein trikiiniloisen kantaja. Supikoirien ruhot kannattaakin hävittää hautaamalla ne syvälle maahan niin, etteivät toiset supikoirat tai muut haaskansyöjät pääse niihin käsiksi.
Haaskakarsina
Saalista voidaan hyödyntää myös houkuttimena KANU-loukkujen erillisissä haaskakarsinoissa.